عادةً ما تُعالج عدوى جرثومة المعدة باستخدام أكثر من نوع من العائلات الدوائية، والتي قد تشمل نوعين مختلفين من المضادات الحيوية على الأقل في وقت واحد، وهذا يساعد على منع البكتيريا من أن تصبح مقاومة لمضاد حيوي معين.
قد يتضمن العلاج أيضًا الأدوية التي يمكنها المساعدة في علاج الأعراض، بما فيها مثبطات مضخة البروتون بالمعدة، مثبطات إفراز الحمض بالمعدة (مثبطات مستقبلات H2)، واقيات بطانة المعدة التي تحمي من الأحماض، وتساعد على قتل البكتيريا.
و تؤكد هيئة الدواء المصرية على ضرورة الرجوع للطبيب قبل استخدام المضادات الحيوية، كذلك استشارة الصيدلي لتحديد الطريقة المثلى لاستخدام الدواء.